Na de oorlog ging Burr met zijn vrouw Mary Jane en hun drie kinderen in de bay area van San Francisco wonen. Daar ging hij bij het reserve leger en bleef hij actief in de afdeling Noord Californië van de 101ste airborne vereniging.

Hij was lithograaf van beroep, iets wat hij niet graag deed. In de zestiger jaren genoot hij een opleiding bij de Special Forces en kreeg daardoor de groene baret. Hij behaalde de rang van majoor bij de reservisten.
In die jaren was hij ook actief bij de padvindersgroep van zijn zoon Scott. Zowel met die groep als ook met de reservisten trok hij erop uit tot hij op een dag tijdens het beklimmen van een rots uitgleed en zijn scheenbeen brak. Zijn herstel in een militair ziekenhuis in San Francisco duurde 9 lange maanden.
Kort daarna werd hij door de CIA gerekruteerd als paramilitair specialist in de geheime oorlog in Laos. Hij vertrok voor de CIA opleiding en naar Zuid Oost Azië in 1966.

Burr vond zijn roeping in Zuidoost Azië waar hij een stam uit de heuvels, bekend als de Hmong, leerde te vechten om hun land te redden van het communisme.
Hij benutte zijn ervaring en opleiding uit de tweede wereldoorlog ten volle. Hij hield van de kinderen van Laos en in zijn vrije tijd leerde hij hen engels. Hij bleef tijdens zijn verblijf in Zuidoost Azië lid van de reservisten en klom op tot luitenant kolonel.

Hij woonde tot 1974 in Laos waarna hij naar Amerika terugkeerde en uiteindelijk als CIA liaison officier werd toegevoegd aan het nieuw opgerichte Delta Force. Gedurende twee jaar trainde hij met deze crème de la crème militaire eenheid waarmee hij in 1980 deelnam aan de mislukte poging om de Amerikaanse gegijzelden te redden die werden vastgehouden in de Amerikaanse ambassade in Teheran. Bij zijn terugkeer van die missie had hij een ontmoeting met president Carter.